آبله گاوی توسط ویروس آبله گاوی (cowpox virus) که عضوی از جنس اورتوپاکس‌ویروس (Orthopoxvirus) در خانواده پاکس‌ویریده (Poxviridae) است، ایجاد می‌شود. این ویروس اگرچه ابتدا از گاوها جدا شد، اما اکنون بیشتر در انسان‌ها از طریق گربه‌های خانگی و گاهی جوندگان منتقل می‌شود. جوندگان مخازن طبیعی این ویروس هستند و گربه‌های خانگی در حین شکار حیواناتی مانند ول‌ها، موش‌های جنگلی و موش‌ها به این ویروس آلوده می‌شوند. در حالی که بزرگترین عوامل خطر، تماس و آسیب از گربه‌های خانگی است (این ویروس همچنین به عنوان اورتوپاکس‌ویروس گربه‌سانان شناخته می‌شود)، گونه‌های مختلف حیوانی دیگری نیز در متون علمی ذکر شده‌اند.
علائم و نشانه‌ها
بیماری معمولاً به صورت ضایعات منفرد یا چندین ضایعه موضعی روی پوست، یک هفته پس از تماس با حیوان آلوده، ظاهر می‌شود. این ضایعات معمولاً دردناک هستند. لنفادنوپاتی (lymphadenopathy) دردناک نزدیک به محل عفونت شایع است. ضایعات به تدریج به زخم‌های نکروتیک (necrotic eschars) تبدیل شده و در بیشتر موارد در طی ۶ تا ۸ هفته با جای زخم بهبود می‌یابند. ضایعات پوستی می‌توانند با تب و علائم شبه آنفولانزا همراه باشند. بیماری به طور کلی محدود به خود است. بیشتر گزارش‌های مدرن از عفونت آبله گاوی از اروپا و ایالات غربی اتحاد جماهیر شوروی سابق بوده است.
ویروس واکسینیا و ارتباط آن
یکی دیگر از اعضای جنس اورتوپاکس‌ویروس، ویروس واکسینیا (vaccinia virus) است که هیچ میزبان طبیعی ندارد و برای واکسیناسیون علیه آبله استفاده می‌شود. بر اساس داده‌های ژنتیکی مقایسه‌ای، این نظریه مطرح است که ویروس واکسینیا ممکن است از ویروس آبله گاوی مشتق شده باشد. با این حال، این دو گونه متمایز هستند. اگزما واکسیناتوم (Eczema vaccinatum)، انتشار واکسینیا پس از واکسیناسیون علیه آبله، می‌تواند افراد با درماتیت آتوپیک (atopic dermatitis) زمینه‌ای را تحت تأثیر قرار دهد. مواردی از انتشار آبله گاوی در افراد با درماتیت آتوپیک نیز گزارش شده است، اما این موارد نادر هستند.
شناسایی گونه جدید
در ژوئن ۲۰۱۳، گونه جدیدی از اورتوپاکس‌ویروس در دو مرد در کشور گرجستان که مشکوک به عفونت آبله گاوی بودند و با گاوهای بیمار در تماس بوده‌اند، شناسایی شد. عفونت‌های زئونوتیک (zoonotic) با ویروس‌های شبیه واکسینیا نیز در دهه گذشته در میان کارگران گاوداری‌های روستایی در برزیل و چوپانان بوفالو در هند گزارش شده است.